紫藥水具有殺菌作用和收斂作用，對葡萄球菌、真菌、念珠菌及綠膿桿菌均有一定的殺傷作用，殺菌介于碘酒與紅藥水之間。如果有淺表皮膚的燙傷、燒傷、皮膚和口腔粘膜潰瘍、口唇皰疹等，局部上紫藥水，就可防止細菌感染和局部組織液的外滲，有拔干作用。

紫藥水刺激性小、無毒性，進入人體內也不易發生毒副作用，故常用于、鵝口瘡、感染等癥。