魚缸里經常會有油漬與塵埃浮在水面上，可用薄的吸水紙吸去，辦法是用竹筷挾著薄紙輕輕地在水面拖動，即能吸去污物，浮在水面的油漬是因脂肪及放食餌所致，要勤加清理，以防止水質變壞。
魚缸的玻璃上常會粘附水苔等污物，因它會影響魚兒的生長，所以一定要設法清除。清除時，可用特制的長柄夾夾住刀片來刮除不潔粘附物，刮落在箱底的不潔物，可用塑料吸管吸收，為防止缸底的沙也被吸出，吸管口部的加可上一個適合的網子，以避免珊瑚沙被吸出來。