兩宋、金元時期，中醫(yī)學(xué)出現(xiàn)了流派爭鳴的局面，涌現(xiàn)了金元四大家和陳直、鄒鉉等一大批著名家；同時由于宋代帝王對學(xué)十分關(guān)注，組織力量編寫了《太平圣惠方》、《圣濟(jì)總錄》之類的大型官修醫(yī)書，從而大大促進(jìn)了中醫(yī)學(xué)沿著《黃帝內(nèi)經(jīng)》開創(chuàng)的思路繼續(xù)向前發(fā)展，并形成了一些自己的特色：

注意從發(fā)病學(xué)的角度探求規(guī)律。當(dāng)時的中醫(yī)家已經(jīng)認(rèn)識到人的形體“因氣而榮，因氣而病”（《圣濟(jì)總錄》），于是主張應(yīng)該努力保養(yǎng)氣血，調(diào)理氣機(jī)。金元四大家之一的李東垣認(rèn)為“脾胃之氣既傷，而元?dú)庖嗖荒艹洌T病之所由生也”（《脾胃論》），從而相應(yīng)地提出了要務(wù)在于保養(yǎng)脾胃之氣的理論主張。同為金元四大家的失丹溪則改弦易轍，強(qiáng)調(diào)陰精對人體的重要作用，認(rèn)為人的一生“陽常有余，陰常不足”（《格致余論》），因而在治病和方面都以滋陰為主。

注重聯(lián)系老年生理特征探求長壽之道。，鄒鉉《壽親養(yǎng)老新書》從老年人的生理特點(diǎn)出發(fā)，認(rèn)為老人精神真氣及五臟衰弱耗竭，腸胃虛薄，喜怒性情不定，類似兒童，且孤僻易于傷感，故應(yīng)重視飲食調(diào)養(yǎng)、精神調(diào)攝，怡情悅志，以及順應(yīng)四時氣候變化以。宋丹溪在《格致余論·茹淡論》中則結(jié)合老年人的生理特點(diǎn)，提出了以植物性食物為主的老年食譜。

宋代以后，由于真宗、徽宗等皇帝狂熱崇道，使得道教宗派迅速蕃衍，道教理論有所深化。在眾多道教流派和五花八門的道教學(xué)說中，內(nèi)丹派理論影響最大，并相繼出現(xiàn)了陳摶、丘處機(jī)、王珪等著名道教家。

陳摶所著的《指玄篇》、《陰真君還丹歌注》、《二十四氣坐功導(dǎo)引治病圖》均為闡述道教丹丹派理論和方法的重要專著，其中又以后者在民間流傳最廣。

丘處機(jī)的思想除了強(qiáng)調(diào)“全神煉氣”、養(yǎng)氣內(nèi)守之外，還著有《攝生消息論》一書。

王珪在所著的《泰定主論》中論述了婚后至孕育和嬰幼、童壯、衰老諸階段的生理調(diào)攝，疾病治療等問題，很有特色。尤其是書中關(guān)于藥食的觀點(diǎn)，更具創(chuàng)見。

有宋一代，儒家一反漢唐專治經(jīng)學(xué)的傳統(tǒng)，轉(zhuǎn)而引釋、道入儒，從而形成了獨(dú)樹一幟的理學(xué)。當(dāng)時的理學(xué)家認(rèn)定“理”是先天存在的、是永恒而至高無上的。為了窮究此“理”，理學(xué)家們提出了“去人欲、存天理”的總原則，而靜坐則被視為實(shí)現(xiàn)這種原則的最有效的途徑之一。盡管“去人欲、存天理”的理學(xué)原則本身是與人們的目的相悖的，但靜坐方式卻包含了積極的意義。以北宋著名理學(xué)家邵雍為例，“靜坐”固然被他視為窮理盡性的主要方法，但在“靜坐”窮理的實(shí)踐過程中，邵雍同樣感到了這種方式所具有的功效。因此，在他的某些詩作，如《何處是仙鄉(xiāng)》中，就寫出了一種獨(dú)特的靜坐感受。

對靜坐感受最深的，大概莫過于南宋理學(xué)。由于晚年健康狀況甚差，所以朱熹十分傾心符合其理學(xué)大師身分和經(jīng)歷的靜坐法。據(jù)《宋元學(xué)案》記載，為了提高和加強(qiáng)靜坐的效果，朱熹還作有《調(diào)息箴》一首。